H264で書き出すと１分の動画が２分の映像と１分の音声になって書き出される

お書きいただいた症状から、ハードウェアエンコードに起因する問題である可能性も考えられるかと思います。

こちらのリンク先を参照していただきまして、ハードウェアエンコード・デコードを「使用しない」設定でお試しいただくといかがでしょうか。

ハードウェアアクセラレーションによるエンコード/デコード 

まずは書き出しのパフォーマンスを「ソフトウェアエンコーディング」に変更して症状が出るかご確認いただき、もし出るようでしたら（解決の可能性は高くないように思うのですが）環境設定-メディアにてハードウェアによるデコードを無効にしてお試し頂ければと思います。

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