iPhoneで撮影した素材について

いずれもPremiere Proとは直接関係ない原因という可能性があると思います。

>①パソコンに移動した時、プログラムを開くデフォルトのソフトが勝手にPsに変わった

OS側の設定かと思います。例えば、下記のような方法で変更できます。

ファイルを開くプログラムを変更する (https://support.microsoft.com/) 

※ファイルのプロパティから変更する方法もあります。

>②シーケンスに乗せた時、横向きになってる

iPhoneでの撮影開始時に斜めに持っていたなどの理由で「横位置撮影」という属性がついていたり、iPhoneで撮影に使用したアプリの設定で「横位置撮影」になっている可能性も考えらるように思います。

Premiere Proで回転させれば問題は無いと思います。

>「フレームサイズに合わせてスケール」のショートカットをいつも使ってるのですが、この大きさはカメラの設定で決まるのでしょうか？

シーケンスのフレームサイズと素材のフレームサイズ（カメラの設定などで決まります）が異なることでピッタリ収まらない状況かと思います。

両者が一致していれば、「フレームサイズに合わせてスケール」を使用しなくてもピッタリ収まります。