Lumetriカラーにて輝度100％を超えたスーパーホワイトの領域に効果を適用する手順は？

>これはアプリケーションの仕様になるのでしょうかね。

端的に申しますと「仕様」ですが、Lumetriカラーエフェクトで調整できる項目の機能から考えますと、カラーコレクションツールとしては「正しい挙動」と言えると思います。

百聞は一見に如かずなので、「Lumetriカラー」の露光量の挙動と、「ルミナンス補正」の明るさの挙動を比較した動画を添付します。

「Lumetriカラー」の露光量は、数値を上げてゆくと単純に波形が上部にシフトするのではなく、高輝度域が圧縮されながらレベルが持ち上がります。

これは、例えば実写素材で日陰の人物を明るくしたい場合に、空や背景などが完全に白飛びせず、輝度差を圧縮してある程度諧調を残しつつ全体を明るくできるということを意味します。

（ニー補正やDCCが有効なビデオカメラで絞りを開けてゆくイメージです。）

このような高輝度部の圧縮を伴う場合、明るさの「最大値」が定まっていなくてはならないわけですが、それが100%ということです。日本の放送ではスーパーホワイトが許容されていますが、ネット配信（パソコン視聴前提の場合）ではスーパーホワイトが再現されないことがほとんどですし、やはり100%を最大とするのが自然ということになると思います。

（国によっては放送でもスーパーホワイトが許容されず、日本の番組を海外に販売した際に問題になったケースもありました。）

それに対して「ルミナンス補正」の明るさの場合、数値を上げてゆくと波形の形はそのままで上がってゆき、最大レベル（8bitコード値で255、輝度約109%）を超えたところはスパッとクリップします。

ですので、先ほどの例のような「日陰の人物を明るくしたい」といった場合に使用すると、明るい空や背景が真っ白に飛んでしまう恐れがありますし、明るい部分が多い映像では画面の多くの部分がスーパーホワイトの状態になってしまいます。

これでは「カラーコレクション」としては失敗になってしまうので、他にカーブを併用するなどして整える必要が出てくるのですが（もっとも、カーブだけでも明るさ調整できますが）、そういった面倒なことを考えずに調整できるのが「Lumetriカラー」ということかと思います（スーパーホワイトが絡むと注意が必要なのは、ご質問の通りなのですが……）。

余談が多くなってしまいましたが、

>また、その場合問題が発生する事がありますでしょうか？

という部分については、「旧バージョン」のエフェクトはゆくゆくは廃止される可能性があることや、今後のアップデートで不具合が発生した際に、修正されないといった可能性はあり得るかもしれません。

今現在正常に動作していて、プロジェクトが長期化する可能性（ドキュメンタリーや記録映像など数年スパンで編集するなど）が無く、お望みの効果が得られているのでしたらお使いいただいて差し支えは無いと思いますが、私自身は「旧バージョン」のエフェクトはできるだけ使わないようにしています。