何度もお手間をおかけしてすみません。。
保存先を変更しましたら、無事に書き出すことができました。
Premiere Proに取り込み、 Media encoderで書き出しても、問題無く書き出すことができました。
本当にありがとうございます。
ここまで教えて頂いて恐縮なのですが、このやり方ですとDVDのVOBファイルが分割されてしまうようなのです。
Premiere Proに取り込んで再生すると、動画の分割面でブチっと切れるような感じになってしまうので、できればDVD1本分まとめて取り込みたいところなのですが、方法はございますでしょうか、？
これでも限りなく解決はしておりますので、もしお分かりになるようでしたら、ご教示頂けますと幸いです。
状況のご返信、ありがとうございました。
ひとまず、本題の原因は素材ファイル（MP4）の不具合だったと断定してよさそうですね。
>ここまで教えて頂いて恐縮なのですが、このやり方ですとDVDのVOBファイルが分割されてしまうようなのです。
はい、おっしゃる通りshutter encoder はDVD上で分割収録されたVOBは、自動的に結合されずにVOB単位での変換となってしまうようです。
VOBの仕様上、ファイルのつなぎ目がぴったりつながらないかもしれないです。
私自身は有料のツール（TMPGEncシリーズ）を使用しておりましてフリーソフトに関しての情報はあまり持ち合わせていないのですが、私が把握している限りでは「HandBrake」（公式サイト：https://handbrake.fr/ ）というソフトはDVDの連続したトラックを分割せずに変換できます。
「HandBrake」はDVDのコーデックのままでの変換（再ラップ）ができないので、H.264などのコーデックて再エンコードすることになります。
以前の返信にもちらりと書いたのですが、DVDはインターレースという方式で記録されているので（映画などプログレッシブの物もありますが、今回はVHSからのコピーなのでインターレースで間違いないと思います）、それをプログレッシブにするか否か、プログレッシブにする場合29.97fpsでよいのか59.94fpsの方が良いのかといったことも設定する必要が出てきまして、それらは最終的な用途によって最適解が変わってきます。
あくまでも私個人の考えですが、VHSは59.94iであり、動画の滑らかさとしては59.94fpsに相当するものですので、「インターレース解除」をいわゆる2倍fps化という方法で行い、H.264で書き出すのが無難なのかなと思っております。
あまり内容に自信はございませんものの、HandBrakeの設定例の画像をあげてみます。
DVDのVIDEO_TSフォルダを選びます
プリセットをProduction Standerdにせっていしたうえで、「フィルタ」でインターレース解除の設定をします。
もしHandBrakeをお使いいただく場合には、私の設定が最適とは限りませんため、短めのチャプターで変換の画質などをご確認いただければと思います。
上記画像の設定は、SD解像度のままインターレースの解除（2倍fps化）が行われ、ピクセルアスペクト比 1:1 に補正された640×480の59.94fpsで書き出されるものでございます。
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