premiere上ではオンラインなのにmedia encodorでは「オフラインメディアが検出されました」と表示される

たしかに不思議な現象ですね。

素材ファイルの保存場所やファイル名のつけ方、フォルダ階層の深さやファイル名の長さなど、オフラインになってしまうファイルに些細なことでも何かしらの共通点が見つかれば解決の糸口になるかもしれません。

可能性は低いと思いますが、何らかの自動バックアップツールやクラウド連携、セキュリティソフトの干渉なども原因として考えられると思います。

ちなみに、キューを送らずPremiere Proで直接書き出す場合は問題無いでしょうか。