premiere 編集中に再生停止でプログラムモニターに映像が表示されなくなりました

お使いの環境は、独立GPUを搭載していてPremiere Proの必要最小スペックを満たしているようですね。Premiere Proのバージョンも最新なので、少し前のバージョンで発生する可能性があったらしい「停止時に映像が出ない」問題とも異なるようです。

さて、今回の問題は、再度HandBrakeで書き出し直すことで解決されたということでしょうか。

なんとなく、以前問題が生じていたファイルも新しいプロジェクトに読み込むと問題が出ない気もするのですが、納期に余裕がなかったり無用なトラブルを避けたい場合には、そういった検証をすぐにお試しいただくのは避けた方が良いと思います。

MOVやMP4は映像や音声、タイムコードなどなどの入れ物である「コンテナ」フォーマットなので、実際には中に収納されている映像や音声のコーデックや仕様が肝になってきます。

おっしゃる通り、iPhoneのMOVファイルはVFRが原因か否か定かではないものの、映像の乱れが発生したり不具合が出ることはしばしばありまして、たいていの場合はHandBrakeで変換することで安定して扱えるようになることが多いようです。

今回は、

>同じ条件下で撮影した素材の一方だけが再生停止でプログラムモニターに非表示になるという現象

ということから、Metalで映像が出なくなることと、HandBrakeで書き出ししなおすことの関連性は低いようにも思えるので、もし作品完成（納品）後に余裕がありましたら、メディアキャッシュの削除や問題が起きたプロジェクトのシーケンスのみを新プロジェクトにコピー＆ペーストといった方法もお試しいただくと、問題の真相に近づくことができ、同様の問題が発生した際に速やかに復帰できる方法を導き出せるかもしれません。