Premiere Pro 書き出しの再編集について

Premiere Proの動作としては、一度書き出しを行った後に自動的に（勝手に？）メディアがオフラインになったり、一本の素材としてまとまったものだけになることはございませんので、そのような動作につながる何かしらの操作を行われているのではないかと思います。

具体的には、書き出しを終えた後に素材ファイルを移動もしくは削除したことによって「オフライン」になってしまい、プロジェクトに書き出したファイルが読み込まれているために「一本の素材としてまとまったもの」になってしまったように見えている可能性があるのではないかと思います。

（素材ファイルと同じ名称で書き出すことで、素材ファイルが書き出したファイルによって上書きされていたという事例も、過去にはありました。）

書き出し後に素材を「移動」したことで「オフライン」になっている場合には、メディアを再リンクすることで編集可能な状態に戻せるかと思います。

Premiere Pro でのオフラインメディアの再リンク 

理想的には、編集開始時から素材の保存場所などのルールを決めておき、プロジェクトファイルと素材ファイルの管理がしやすいようにしておくということになるのかなと思います。