PremierePro 2024 (24.6.3)にしたので少しご質問です！

私はまだv25.0をあまり使用していないのですが、思いつく範囲で返信してみます。

【追記】すみません、バージョンを間違えて書いておりました。以下、v25.0の画像など用いていますが、おおむねv24.6.3と同様かと思います。（追記終わり。）

>Q1.シーケンス作成時にデフォルトのタイムラインの太さを変更したい

デフォルトの太さ（高さ）を変える方法は見つけられなかったのですが、トラックの高さのプリセットをいくつか保存できますので、トラックの高さを高くした状態のプリセットを作成したうえでキーボードショートカットを割り当てていただきますと、お好みの高さに一発で変更できるかと思います。

>Q2.ラベルカラーを真っ赤にした場合、オーディオ波形やクリップ名を白にしたい

こちらにつきましては、視覚的に見やすくなるよう波形の色が変わる仕様ではないかと思います。解決策というよりは回避策になりますが、赤の明るさを少し暗く（H 0・S 100・B84）にしていただきますと、波形が白くなります。

もうひとつ、お好みによりますが「オーディオ波形でラベルの色を使用する」をOFFにするという方法もあるかと思います。