PremierProでメディアエンコーダへの書き出しができません。

4時間ともなるとフリーズしている可能性もあり、仮に正常だとしても実用的ではないですね。

>直接書き出しはキューの隣の「書き出し」を指しておられますか？

はい、その通りです。「何度かエラーが出た」とのことですが、そのエラー内容はどのようなものでしょうか。場合によっては、そのエラー画面に原因が表示されていることもあると思います（エラー個所のタイムコードが表示されているかもしれません）。

既に、シーケンス後半のクリップに問題がありそうなところまで切り分けが進んでいるようですので、後半をさらに半分に分けて書き出しながらエラーの出る個所を特定したり、エラー画面にタイムコードが表記されていればそこのクリップが原因という可能性がありますので、原因を特定してから検証を進めることで時間が節約できるかと思います。

仮に、Aeのコンポジションの箇所が原因だった場合や重いエフェクト処理部分が原因でしたら、下記リンク先をご参照いただいてレンダリングファイルで置き換えていただくと改善されるかもしれません。

メディアをレンダリングして置き換え (https://helpx.adobe.com/) 

Aeのコンポジションがエラーの原因の場合は、After Effectsでレンダリング＆書き出ししてPremiere Proに乗せるのも一つの方法かと思います。

なお、短いシーケンスの書き出しは成功されているようですので今回のケースには当てはまらないと思うのですが、最新版をお使いの場合はマルチフレームレンダリングのOFFであったり、念のため必要システム構成をご参照いただいて処理の内容とお使いのパソコンのスペックに無理な点はないかご確認いただくとよいと思います。

https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/system-requirements.html 

また、なんだか調子が悪いというときには、こちらのリンク先も役に立つと思います。

おかしいなと思ったら（Windows 版 Premiere Pro CC） (https://helpx.adobe.com) 

おかしいなと思ったら（Mac OS 版 Premiere Pro CC） (https://helpx.adobe.com/)