Dreamweaverのgitと共同編集のチェックイン機能の連携について

あまりDreamweaverのgitとチェックイン機能は相性が良くないような気がしてますが両方使うのは問題ないでしょうか？

というのもDreamweaverで複数人で開発する際、長らく共用サーバーのリモートネットワークからチェックイン機能を使ってローカルにデータを落としてきて作業をしていました。(他の人が同ファイルを編集できないように)

ただ、ローカルではDreamweaverのgit機能も使いたいと思い利用してみたのですが、リモートネットワークと同期する際に、リモートサーバー上にはないローカルファイルを削除にチェックを入れてしまうと隠しファイルのgitの設定まで削除されてしまうようです。
隠しファイルgitの設定関連は削除しないようにする設定は無いのでしょうか？(添付画像参照)

また、隠しファイルのためgitの設定を共用サーバーにputすることはないとは思いますがputする可能性はありますでしょうか？

回答、宜しくおねがいします。