illustratorでデータ作成中に保存したが、次の日にaiファイルを開いたらレイヤーが統合されて画像（埋め込みファイル）になっていた

まず、情報不足なのでおうかがいするんですけど、利用しているPCのOS・Illustratorのバージョン等、基本情報をお書きください。
まず、透明部分が統合される可能性としては、古いバージョンのファイル形式で保存しているというのがあります。アピアランスなどの実装の問題で互換性が保てない場合があり、古いバージョンのファイル形式で保存した場合に該当箇所が統合される可能性があります。その他、PDFで保存してしまった場合も場合によっては統合されることもあります。