テンプレートを作り、写真や動画を都度入れ替える方法を教えてほしい

今度、エラーの内容がわかるスクリーンショットを投稿してもらえると、対処できるか確認できると思います。

スクリーンショットの撮影は、
Windows：アプリ「Snipping Tool」
Mac：ショートカットキーShift + Command +3または4
Mac 画面収録（動画）：Shift + Command +5

Premiereはあまり使用していないので間違っているかもしれませんが、
MOGRTの書き出しについては、
数分もある作品のようなテンプレートをPremiereで開くメリットはあまりないと思います。
まず、Premiere上で開くと、After Effectsより動作が重くなります。
Premiereのプレビューは、すぐにリアルタイムでプレビューするため、低画質で飛ばし見したような映像になるかもしれません。
また、レンダリングしてプレビューする場合は、数分のテンプレートを全てレンダリングするまでプレビューが始まらないかもしれません。