スクリプトでマーカーは追加できます。
下記サイトに、スクリプトと説明が公開されているのでご確認ください。
今こそ覚えたいマーカーの基本 at AEP Project
以前に、Premiere Proのマーカーを追加するスクリプトを下記スレッドに掲載しているので、2個のスクリプトを組み合わせて、コンポジションマーカーを連続で追加するようにしてみました。
シーケンスマーカーをクリップマーカーに一括変換したい
注意するところは、時間表示の最後の2桁は、スクリプトでフレーム数から秒数に変換しています。(入力はフレーム数のままで可)
そのためか?マーカーの時間が1フレームずれる現象が出て、原因もわからないため、もし時間がずれている場合は 入力する時間に1フレーム追加して下さい。
それと、最初の桁も2桁(00)にしてサンプルと同じ桁数にしてください。
<追記>
スクリプト 5行目の設定で、1フレームずれる現象を調整できるようにしました。
しかし、この時間による方法は、小数点以下の計算で誤差が生じるため、ピッタリの時間にマーカーを追加することは出来ませんでした。
次の返信(Kenji OKIRUMEさん)にあるスクリプトも試されてはどうでしょう。
// <5月24日更新>
//
var inTime = new Array('00:00:01:06','00:00:02:11','00:00:04:03','00:00:06:15','00;03;36;28') ; // ここに イン データ入力
var adjust = 1 ; // マーカー位置の誤差を微調整 0 ~ 1
var comp=app.project.activeItem;
var fps = comp.frameRate ;
for (var i=0 ; i < inTime.length ; i++){
var mkIn= (Number(inTime.slice(0,2))* 3600 + Number(inTime.slice(3,5)) *60 + Number(inTime.slice(6,8))) + (Number(inTime.slice(9,11))+adjust)* comp.frameDuration ;
var compMarker = new MarkerValue("コンポマーカー"); //マーカーコメント
compMarker.duration = 0; //マーカーデュレーション
comp.markerProperty.setValueAtTime(mkIn, compMarker);
}
スクリプトの操作は、Extend Script Toolを使用してください。
このスクリプトは、エラー時の対応は組み込んでいませんが、誤動作の際の対処はESTでスクリプトを停止できます。
<追記 2>
スクリプトでマーカーを追加すると下図のように、±1 フレーム以内の誤差が出ます。
修正方法は、マーカーのプロパティを表示して時間を再設定してOKすれば、手作業でマーカーを追加したのと同じ位置に移動します。

コンポジションマーカーおよびレイヤーマーカーをコピーする作業であれば、下記スクリプトで正確にコピーできます。
redefinery.com: rd: Copy Comp Markers
redefinery.com: rd: Copy Markers
コピーの場合は、コピーもペーストも秒単位の時間で処理するために、誤差はありません。