MOVのデータが重すぎて「警告メモリ不足」と出ます。軽くする方法はありますか

有償ですが、BLENDERAE というツールがあります。これでダイレクトにもっていけます。

https://aescripts.com/blenderae/

MOVのコーデックは何でしょうか？
アニメーション・ProRes・mp4形式などがあります。

mp4はファイルサイズが小さくなりますが、ビデオ編集に適していません。
３Dソフトの出力は、高品質でレンダリングするのが通常のため、アニメーショやProResが適しており、ファイルサイズが大きいことは、ビデオ編集で問題になりませんがディスクの容量不足はあるかもしれません。

なお、３Dソフトは１フレームのレンダリング時間が長いので、QuickTimeなどの動画形式で出力すると１フレームでもレンダリングミスがあると全てやり直しになるため、一般的に静止画シーケンスで書き出しが多いです。
レンダリングミスがあっても、そのフレームだけレンダリングをやり直せば修正できます。