このファイルはIllustrator以外の アプリケーションで修正されています。

私も431650さんと同じ現象が発生しています。

サーバーや外付けHDDに関係なく内蔵ディスク（Fusion Drive）で作業していても、この現象が発生します。

とりあえずメッセージは無視して作業していますが

今のところファイルが壊れる等の実害は発生していません。

環境は、

illustrator CC 2017

macOS High Sierra（10.13.2）です。

この現象が発生するようになったのは

macOS Sierra（10.12.6）からアップデートしてからです。

仕組みとしては、Illustratorが最後にファイル保存した日時を覚えていて、次にファイルを上書きしようとした時にその日時と違っていたら、警告を出すようになっています。

つまり、ファイルを保存した日時の記録を誰かが書き換えている、もしくは正しく保存できていないことが原因になりますので、そこを中心に調べていくことになります。

まずは、保存先によって違いが出るかどうかです。

• 書類 フォルダ
• iCloud Drive
• Creative Cloud Files
• Dropbox, Google Drive など同期しているフォルダ
• サーバ / 別のマシンのネットワークボリューム（共有フォルダ）
• 外部に共有している（公開している）フォルダ
• 外付けハードディスク、USBメモリなど

ネットワーク同期や共有フォルダとして公開している場合は、外部からファイルにアクセスが行われるワケですから、その中に犯人がいるかもしれません。

ネットワーク上の共有フォルダは、自分のマシンだけでなく、共有公開しているサーバ側でファイルにアクセスして日時を書き換えている犯人がいるかもしれません。

また、共有する仕組み（afp, smb, webdav等々）や相手方のファイルシステムの仕様によっては、タイムスタンプの記録精度が異なることによりmacOSと同じように日時を記録できないのかもしれません。サーバ側の時計がおかしいことも考えられます。

ウィルス対策ソフト、アイコンやプレビュー画像を生成するソフト、検索用のインデックスを生成するソフトなど、バックグラウンドのプロセスがファイルにアクセスしていることが原因かもしれません。

monokanoさんの言うように、単にファイルシステムが壊れているだけかもしれません。

問題が利用者全員に発生していることなのか、発生する人と発生しない人に分かれる現象なのかを確認し、全員でないようであれば環境の違いなど発生条件を調べ、問題を解決できればハッピーですし、その知見をフォーラムで共有し、解決すべきバグ・改善すべき仕様と判明したらAdobeの開発者にフィードバックする、というところまで出来れば完璧です。我々もお手伝いしますので、原因をつきとめましょう！

Illustrator以外のアプリで修正していないのに、そのアラートが表示される…ということですよね。

私の環境では、そのようなアラートは一度も出たことがありません。

431650さんの環境固有の症状だと思われますので、原因が分かる人はいないかもしれません。

私でしたら、以下の手順を取ります。

1. DiskWarriorなどのツールでディスク修復を試みる
2. 直らないのなら、macOSのクリーンインストールをする
3. 直らないのなら、起動ディスクの不良が疑われるので交換する