透明の処理がもっとも疑わしいところですが、調べる方法をいくつかご紹介しますので、この機会に色々お試しください。
- メニューの [表示] - [オーバープリントプレビュー]（Option + Shift + Command + Y）
- メニューの [表示] - [色の校正]
- メニューの [ウィンドウ] - [分割・統合プレビュー] で分割・統合プレビューパネルを表示し、まずは「ハイライト：」を「影響されるすべてのオブジェクト」にして「更新」ボタン
- メニューの [ウィンドウ] - [分版プレビュー] で分版プレビューパネルを表示し、各チャンネルの状態を確認
- Adobe Reader または Acrobat Proにて、PDFファイルを印刷して結果を確認
- Adobe Reader または Acrobat Proにて、環境設定 - ページ表示 で「オーバープリントプレビューを使用」を「常時」に設定して、PDFファイルを開いて画面上で確認
- Acrobat Proにて、PDFファイルを開き、印刷工程ツールの出力プレビューで該当箇所とその周囲のプロセスカラー値に違いが無いか確認する（Acrobat Pro DC の印刷工程ツールの概要）
単純なところとして、文字や画像を動かしたり削除したりして、同じ位置に枠が現れるか、消えたり移動したりするか、確認するという方法があります。
その他、
PostScript対応のレーザープリンター等で印刷している場合は、CPSIによる処理（透明未対応につき分割・統合）か、APPEによる処理（透明対応）かで、透明の処理結果が変わることがありますので、どのプリンターでどう設定して印刷しているかご確認下さい。
印刷所に入稿する場合、ネイティブファイル入稿（Illustratorファイルの入稿）か、PDF入稿かにより違いがあります。PDF入稿の場合、PDF/X-1aのような透明未対応（分割・統合して処理）の形式か、PDF/X-4のような透明対応の形式かによる違いもあります。印刷所側の事前のデータチェックや簡易校正で問題をあぶり出すこともできますので、この場合は印刷所に相談された方が良いかもしれません。やり取りを通じて相互理解が深まる面もありますので、一度お話してみることをオススメします。（もちろん、事前にご自身で問題を解決できるに越したことはありません）
他にも方法があると思いますが、まずはこのあたりをご確認いただければと思います。
不明な点などありましたらご質問下さい。
また、解決した場合は原因などを報告いただければと思います。
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