透過処理をしたはずの画像が映り込む

なんか解決できたようでいて、このままでは他者の足しにならないままとなるため、

もうちょっと教えてください。

>レイヤーマスクチャンネルは非表示になっていて

レイヤーマスクは使用していなかった、ということですか？

具体的に「透過部分」はどのように作りましたか？

たとえば雑にピクセルを削除した場合（不透明度 0 ）、カラー情報つまり絵柄 は存在しなくなり、配置先には絶対に見えなくなるはずなのです。

ぱっと見は透明でも完全ではなく、背景ピクセルの不透明度が若干あった、とにらんでいます。

>画像配置の方法が埋め込みになっていたのが原因だったようで、リンク配置した後にリンクパネルから埋め込み処理をしてPDF化したところ、映り込みなくできました

ここをいちばん教えてください。

リンクしてから埋め込み、という手順を踏んだだけで、結果としてはどちらも変わらず「埋め込み」ですね。

・リンクのままPDF書き出ししてよさそうですが、埋め込みはルール上必須なのでしょうか？

・元の「埋め込み」配置時、どのような手段で配置しましたか？（「配置」コマンド、ドラッグ＆ドロップ、など）

「たまたまかも」は進歩を止めますよ。データがあったかいうちに追求するべきです。