pdf変換した際の線の太さの変化

assauseさんの言うとおりで、PDF入稿なのにアウトラインを取ってPDF化する、というのは、今では「よっぽどの環境に渡すのでなければやらない」類いのものです。

ところで、QRコードが乱れる……というのが大変気になります。

処理方法を間違えていないでしょうか？

もしかして、ですが

①QRコードがRGB/PNGである

②生成したものを縮小して貼っている（Illustrator上で350ppiを越えている）

③PDF化の際に、画像解像度の縮小設定をしている。カラー画像として扱われるため縮小される

ということはありませんか？そうなると、QRコードのテンテン（セル）が破壊され、最悪読めなくなります。

①でPhotoshopでグレースケールか2値にカラーモード変換（解像度は、無意味なので一切変更しない）

③PDF書き出しの圧縮で、画像の再サンプルをオフにする、または2値QRにしているなら、「白黒画像」のダウンサンプルをオフにし、カラー、グレースケールのダウンサンプルは適宜調整する

という作業が必要かと思います。