リンク画像に連番を振る方法

すでに2つ出ていますが、

配置後でなければならない理由がある場合：

Illustratorをスクリプトで制御して、配置している画像を探し名前を変更して再リンクさせたりしないといけません。

配置前でよい場合：

Bridgeを使えばファイルリネームできますし、OSがMacなら標準機能でできるはずです。

ですので前提条件を、回答者が想像できるように細かめに記載してください。OSとか、Illustratorのバージョンとかも含め。

Bridgeを使いましょう

Bridgeでファイルのあるフォルダを開き

必要なファイルを選択→右クリック(Windows)→ファイル名をバッチで変更

から細かく設定できます。

スクリプトかなーと思いますが、

• どのような順番で番号を振るか（名前順、重なり順、座標順など）、
• 1つの画像が複数配置されていた時の対処、
• リネーム後の再リンクの有無

など要件をまとめてあれば書かせやすくなるかなーと思います。