RAWファイルを書き出すと小さくなってしまう

そんなものではないかな、と思いますがどうでしょうか。書き出しファイル形式はJPEGですよね？

手持ちのD810のRAWファイル（39.8MB）から、リサイズ無し、メタデータ基本、画質100のJPEGを書き出してみたとき、現像処理の内容によって6MBから30MB程度までの差が出ました。主にノイズリダクションやシャープネスの設定で、同じRAWでも書き出したJPEGのファイルサイズがこれだけ変わりますので、不具合かどうか判断しかねるところです。

残念ながら過去バージョンでの、同じRAWからの同一設定の書き出しJPEGを保存していないため、実際どれくらい圧縮の程度が変わったか分からないのですが……

通常は高画質の納品だとTIFF16bitだと思いますが、どうしてもJPEGでファイルサイズを稼ぎたいのでしたら、BridgeのCamera Rawから（左下のボタンの）画像を保存機能でやる方法もあるかと思います。こちらだと、JPEG圧縮率の程度を最高の「12」にすると1.5倍程度までファイルサイズを大きくできるようです。