トラックの間に1レイヤー挟むとアウトプットが変わる原因が知りたい

仮にトラックマットキーが使われている場合、「下のトラック」はV9の可能性もありますが、更に下のトラックの可能性もあります。

一例を挙げてみます。

この例では、V2のカラーバー映像に「トラックマットキー」を使用しており、マットとしてビデオ3（V3）を選択しています。V3のMASK01.pngは、黒い背景に白いトゲトゲの星形を描いた静止画で、その星形でカラーバーを切り抜いています。

この状態で、V3のクリップをV4に移動すると、こちらの画像のようになります。

トラックの並びを変更しても、「トラックマットキー」のマットの設定はV3のまま変わらないので、V4に移動したMASK01.pngがそのまま表示されてしまいます。

ですので、マットの設定をV4に変更することで解決します。

演出効果によっては、複数のトラックの「トラックマットキー」が使われていて、それぞれひとつのマットを参照している可能性もあるので、すべてのトラックを確認していただいた方が良いと思います。

ちなみに……、文面から、ご自身で組み立てられたシーケンスではない状況だと思います。改変OKのテンプレート集を入手されてお使いの場合には関係ありませんが、もし他の方との共同作業で、依頼主から渡されたプロジェクトファイルにて作業後、そのプロジェクトファイルで戻す（納品する）という場合には、トラックの並びを変えてもよいか念のため依頼主にご確認いただいた方が良いと思います。