フレームを置き換える、複数回の試行後、エラー

私もはっきりとしたことや適切な解決策は存じ上げないのですが、MXFがらみの問題はしばしば報告されています。

こちらは英語版のフォーラムで、かつPremiere Pro 2023アップデート後の問題についてなのですが、CanonやSonyのFX6のMXFでの問題についてやりとりがされています。もしかすると、今回の件と類似する現象かもしれません。

MXF files drop frames after premiere pro 2023 update (https://community.adobe.com/) 

完全に推測なうえに、直る可能性は低いとは思うのですが、「環境設定」の「メディア」にて、「ハードウェアによる高速処理デコーディング」というような設定のチェックを外して再起動してからお試しいただくといかがでしょうか。

また、これもまた解決につながるか否か何とも言えないのですが、Intel版で起動して様子を見てみるのもひとつの方法かと思います。

ちなみに余談ですが、私は主にWindows環境で編集作業をしているのですが、FS5にてQFHD 8bit 4:2:0で収録された素材にて、素材の信号が100%でクリップされる症状が出ます（Premiere Pro 22.6.2でも確認済み）……。

（FS5は私の所有ではないので、ファームウェアやその他詳細は不明です。） 

お使いの記録モードがどのようなものかにもよるのですが、もしお時間に余裕がありましたら、SONY Catalyst Browseを用いてXAVC-IntraのMXFにトランスコードすることで、今回の問題も含めて改善されるかもしれません。