プロジェクトファイルが消えました

「すべてを保存」でも保存はされていると思います。

編集作業をどのようになさっているかによるので一概には言えないのですが、私が見聞きした範囲では、たとえばプロジェクトファイルを複数同時に開いて作業していて、別のプロジェクトファイルの方で作業していたですとか、一時的につないでいたHDDから素材を読み込もうとしたきっかけか何かの誤操作でそのHDDにプロジェクトを保存して作業を進めていて、後日そのHDDを外した状態でプロジェクトを開いたら数日分の編集内容が消えていた（誤操作で外付けHDDに保存する前の状態）といったことがありました。

パソコンの中で本来のプロジェクトファイルが迷子になっている場合には、先ほどの返信でも書きましたようにファイル検索で見つかると思います。

何かしらの誤操作や、Premiere Proの偶発的なトラブル（そういう事象は見聞きしたことがありませんが）でプロジェクト内のものを削除したうえで上書き保存なさってましたら、復活は難しいかもしれません。

>ちなみに自動保存機能に関しては設定していません。設定しないと使用できないのでしょうか？

とのことですが、

>自動保存のファイルをみても数日前のものしかみることができません…

とのことですので、自動保存は有効になっていたのではないでしょうか。

作業中のプロジェクトファイルが消えた上に直近の自動保存のファイルもないというのは、少々不可解です。意図的に削除などはなさらないと思いますので、やはりどこかに保存されているのではないかと思います。