保存しても見た目が変わった状態で保存されている

＞例えば、テキストをシェイプと追従させて

これは、グループ化とかレスポンシブデザインで行ったのですか。

私、Windowsですが、テキストをシェイプにレスポンシブデザインで追従させて、テキストのフォントサイズ変更、カーニング追加等を行って、プロジェクトを保存して再度開いても、またキューからMedia Encoder経由の.mp4ファイルで書き出してみても、編集状態と全く同じになっていました。

＞「キュー」をクリックしてMedia Encoderから書き出しを行わず直接書き出しとかできるのですか？！

私はいつも「書き出し」から直接書き出しています。

「キュー」をクリックしてMedia Encoderから書き出しを行うのは、一般的に業務等で複数のプロジェクトをバッチ処理で書き出しを行うような場合に使用するのではと思います。

＞書き出しクリックすると上記の方法しか出てこない気がします…

ちょっと意味が分からないのですが、MediaEncoderが起動するということでしょうか。

私の場合、「書き出し」（下図赤枠部）をクリックすると、

すぐに書き出しのエンコード進行状態を示すウィンドウが表示され、書き出しが終わると、進行状態を示すウィンドウが閉じ、Premiere Pro画面の右下に書き出しが成功したことを示すメッセージが表示されます。

対応策

ラ・ラ・ランドさんは確かWindowsでしたよね。

①Adobeの文書「おかしいなと思ったら」（下記リンク）の「B. 環境設定フォルダーの再作成」項を試してみたらいかがでしょうか。❹の次の「注意」項も行ってみます。Premiere Pro CC2021（v15.x）をご使用の場合は、フォルダー名を「15.0」に読み替えてください。

Windows　おかしいなと思ったら（Windows 版 Premiere Pro CC） (adobe.com)

②アンインストール・再インストールを試してみます。

アンインストール時に下左図のウィンドウが表示されたら「削除」を、インストール時に下右図のウィンドウが表示されたら、両方ともチェックを外します。