動画内の動くオブジェクトをズームした状態で中央に配置したい

After Effectsによるトラッキングですが、こちらのリンク先が参考になると思います。

After Effects におけるモーションのトラッキングとスタビライズのワークフロー 

今回のようなケースでは、対象となる船のトラッキングしやすそうで、かつ常に見える部分（例えば白い船体に書かれたロゴマークや装飾など、追従しやすそうな部分）にトラックポイントを設定して「分析」を行い、「トラックの種類」を「スタビライズ」にして「適用」を押すと、トラッキングポイントがピタッと固定されます。

あとは、スタビライズに伴う画面端の欠けが見えず、かつご希望のサイズにズーム（拡大＆位置調整）して、画面中央に船を配置して完了です。

情報ありがとうございます。

船と言ってもモーターボートがスピードを出して走っていることも有るでしょうし、ちょっと沖合を大型船がゆっくり動いている場合もあるでしょうから、船がどのように動いているかによって対応方法が異なってくると思います。

で、実際の映像を提示頂けませんか。より具体的に対応策を提案できるのではと思います。