画像データの劣化について

添付していただいた画像では、「シーケンス」のほうが背景のシャープネスも低いので、全体的にはリサイズのアルゴリズムによるものではないかと思います。両者の映像の書き出し方がどちらもドット バイ ドット（等倍）か否かも確認する必要があるように思います。

リサイズのアルゴリズムは、レンダラーとしてGPUによる高速処理をしているか否かやエフェクトの使用状況、書き出し設定にも関わってくるので一概には言えないのですが、レンダラーを「ソフトウェア処理」に変更したうえで、書き出し時に「最高レンダリング品質」をONにした場合とOFFにした場合を比較することで、状況が見えてくるかもしれません。

※素材自体は適切にアンチエイリアス処理をしていても、Premiere Pro上で縮小をしていると縮小アルゴリズムの影響の方が大きくなる可能性があります。

念のため、もうひとつの可能性である「クロマサンプリング」の影響か否か原因を切り分けるため、この部分を数フレームでも良いので圧縮なし（非圧縮RGB8bit）で書き出していただくといかがでしょうか。