お早うございます
>①他の何もエフェクトやザブトンがついていない文字は普通に反応します。
テキストに「ベベルアルファ(旧バージョン)」エフェクトを適用した場合です。

「アピアランス」項の「背景」にチェックを入れて座布団を作成すると、座布団の方に「ベベルアルファ(旧バージョン)」エフェクトが適用になります。
これは、座布団は文字の一部と認識され、テキストより外側にある座布団にエフェクトが適用されたと思います。

対応策として、「アピアランス」項の「背景」のチェックを外し、座布団のオブジェクトを別に作成する方法はいかがでしょうか。
ここでは、「シェイプ01」レイヤーで座布団を作成しました。「テキスト」レイヤーと「ベベルアルファ」レイヤーはグループ化してあります。「シェイプ01」レイヤーにベベルアルファエフェクトを適用させないためです。
別な方法では、「タイムライン」パネルで、座布団クリップをテキストクリップの下側のトラックに配置する方法もあります。

>②トランスフォームとマスク(キランとさせている)のエフェクトをつけていて・・・
これは私の最初の回答で2番目に記載した内容とは違いますか。私のはトランスフォームとマスクを使用しています。
また、「(キランとさせている)」の意味が分かりません。キラーンかな?光るような感じでしょうか。
>そこからベベルアルファをつけたのですが反応しませんでした。
「そこから」は具体的にどのタイミングでしょうか。反応しないとは「アピアランス」項で「背景」にチェックを入れたからではないでしょうか。
いずれにしても、②項の全体的なイメージが良く理解できないのです。具体的に詳しく説明をお願いできないでしょうか。現在の動作を何コマかスクリーンショットで提示頂くとか、またはYouTubeにアップロードしていただくとかお願いできれば最高です。