premiere pro 2021を使用しています。
画面収録で2時間ある素材（mov）をpremiereに読み込んだところ、ラスト20分の音声が消えてしまっています。
映像には問題ありません。
premiereに読み込む前の素材を開いて再生してみるとそちらでは音声がありました。
premiereとの相性の問題かと思い、encoderでAACに書き出したところ、そちらも全く同じタイムから無音になっています。
最初はcc2020で作業していたのですが、上記のトラブルがあり最新版にアプデして再度試したものの解決できませんでした。
アドバイスいただけますと幸いです。
おっしゃる通りPremiere Proとの相性の問題（技術的には、ファイルの時間情報やフレームレートの不整合などなどになるかと思います）かなと思います。
もしかするとキャッシュの問題（Premiere ProとMedia Encoderで共有していたように思います）といったことも考えられるかもしれないのですが、Adobe製品ではない変換ソフト（フリーのHandBrakeなど）で変換してお試しいただく方が、手っ取り早く解決できるかもしれませんね。
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