透過保存の「RGB +アルファ」が出てこない

お二人とも、ありがとうございますm
やりとりを見た上で、どのようにして保存すればいいかわからずにいます。。

添付していただいた画像の右下当たりを拝見しますと、「チャンネル：RGB」となってますので、アルファが書き出される設定になっていないようです。

チャンネルを「RGB+アルファ」にしたうえで書き出して頂くといかがでしょうか。

>また、mp4で透過した状態で出力できないでしょうか。

MP4で用いられるコーデックはアルファチャンネルを持つものが無かったと思いますので、できないと思います。

強いて申しますと、RGBとアルファを別々のMP4に書き出すといった方法は考えられますが、メリットよりもデメリットの方が多いのではないかと思います。