特定のBGMやSEの音が変な音になってしまう

通常、Premiere Proで音声ファイルを読み込むだけで音質が変わることはないので（そのようなことがあっては大変で、ラウドネス管理される放送では使い物にならなくなってしまいます）、気づかないところで予期しないエフェクトがかかっていたり、何らかの不具合で特定のコーデックの音声が正常にデコードできていないという可能性はあるかもしれません。

たとえば、プロジェクトファイルを他者から引き継いでいる場合、オーディオトラックにエフェクトが入っているという可能性が考えられます。Premiere Proのソース画面で再生した場合はいかがでしょうか。

また、「普通にPC上で鳴らす」という状況がどういったソフトでどのように再生しているかということも（音声再生ソフトにイコライザー機能などが入っている可能性もありますね）第三者にはわかりませんので、可能な限り具体的にお書きいただけると解決につながる情報が得られるかもしれません。

Premiere Proのソース画面での再生でも問題があるようでしたら、コーデック周りの不具合の可能性を切り分けるため、コンプリートプランでお使いでしたらAdobe Auditionで該当するファイルを開いて再生していただいて、音質に問題がないかご確認いただくといかがでしょうか。

音質に問題がなければ、wavで書き出していただいてからPremiere Proに読み込ませてみるといった方法が考えられます。

BGMをご自身で作成なさったとのことですので音声関係にはお詳しいと思いますので釈迦に説法になってしまうかもしれませんが、シーケンス設定と同じサンプリング周波数で16bitもしくは24bitのLPCMのWAVが無難かと思います。

Auditionでもダメでしたら、普段お使いのDAWでWAVに変換してPremiere Proに読み込ませるといった方法も考えられるかと思います。