【Adobe ScanのPDF/JPEGデータの仕様の確認】

AdobeScanを前提で書きますが、サイズ調整の際に若干のピクセル数の変化はあります。しかし、半分になるような事はないと思います。
要件としては200ppiですからA4幅210mm＝8.27inですから8.27✕200＝1654pxが幅の最低値となります。先のPDFは画像幅2500pxでサイズ調整が入って2480pxの幅になって埋め込まれています。利用されるフィルターはAdobeScanの場合DCTで所謂JPGです。カラーは８bit/componentの３channelですから24bitのRGBですので要件は充分にクリアしています。
変換のロジックというのは何を把握したいかによって説明が変わりますが、一般のアプリケーションでJPGファイルを開いてJPGファイルとして保存する場合とほぼ同じだと考えて差し支えありません。その際にページサイズにアジャストするための総ピクセル数の変化は生じます。
なお、Readerだけでは埋め込まれた画像の素性を調べることは出来ません。厳密にサイズをチェックするには有料版で内部構造を確認するのが確実です。