3時間以上の動画を作成するには？（コンポジションの最長時間＝3時間　より長い動画を作りたい）

Mukaidaさんと同様の意見ですが、
長編についてはPremiere Proにて編集するのが好ましいです。

特にAfter Effectsだと、長編はメモリの消費も激しく、リアルタイム再生も難しくなります。
編集フローになってしまいますが、

・カット毎の調整、特殊効果をAfter Effects
・全体の構成と編集をPremiere Pro

というのがベストかと、
どちらのソフトにも得手不得手があるので、、、

１シーンごとに編集してPremiereで結合してみてはどうでしょう。

After Effectsは、数秒とか数分の映像やタイトルのみ、または部分的に特殊効果をつける時に使用されるので、3時間の動画だとPremiereで編集した方が効率はいいですよ。

Premiereで実現できない映像効果をAfter Effectsで作成する使い方が適しています。