AEで作った映像をメディアエンコーダーにかけた際に画像がずれる

【追加】

PremiumProをMediaEncorderで書き出した場合は問題なくできます。

私も同じ症状になってしまい困ってます。

MEでmp4書き出しができなくないと、とても不便です。

書き出し設定で「ソースの一致」ボタンを押しても変化はないでしょうか。

エフェクト「オフセット」の効果になっていますが、使用はしていないですよね。

改善しない場合は、After Effectsでレンダリングしても同じ症状か確認して下さい。
After EffectsでもH.264形式の書き出しもできます。