AEで保存が出来ない

まずはご利用のAEのバージョンとOSのバージョンを明記すると問題の切り分けがしやすくなりますので書いておきましょう。

今回保存出来ないというのはプロジェクトファイルということでよろしいでしょうか？

そのファイルの保存先はどこになっていますか？

ファイル保存のトラブルはファイルやフォルダの権限まわりが適切に設定されていないか、保存先のドライブなどに問題がある場合が多いです。