After Effectsで書き出しするとファイルサイズが小さくなる

最終の書き出しは、ビデオ タブのターゲットビットレートの設定により画質とファイルサイズが変化します。
ブルーレイ用にはビットレート上げて高画質に設定しますが、ネット配信の場合は画質を抑えてファイルサイズを小さくする必要があるので、予測ファイルサイズを確認しながらビットレートの設定をするようになります。

元動画の画質が悪いと編集するともっと悪くなるので、撮影するカメラのビットレートは高くなっていると思われます。