After EffectsのAnimation設定で書き出した後のmovファイルを、Quick Time Proが勝手に変換する件について質問です。

>どうしてこのようなことになるのでしょう？

Animationコーデックは古いコーデックなので、ご提示のリンンク先の解説にあります通り最新のQuickTime Playerが対応しておらず、内部で自動的にProResに変換しているということです。あくまで想像ですが、再生時のレスポンスの向上も一つの理由ではないかと思います。

>みなさんこの件に関してどうされているか教えてください。

内容確認程度の再生でしたら、フリーソフトのVLCを使っています。QuickTime Player 7でも再生可能です。

Mac に QuickTime Player 7 をインストールする - Apple サポート

非可逆圧縮にはなりますが、品質的に許されればAnimationではなくProRes 4444を使うという選択肢もあります。ファイルサイズが比較的小さく8bitを超える階調を扱えますので、扱いやすいように思います。