AfterEffectが応答なしとなってしまう

「Skysea」というソフトが元でトラブルになっているというのは拝見した記憶がないのでなんとも言えないのですが、
言えるのは影響と思えるのであれば削除してみてどうかになってしまいます。

ともあれ、常駐ソフトとのコンフリクトもなんですが、Ae自体のトラブルってことも普通にあるので
その場合には以下を試すことで改善する事が多いようにみうけられます。
■おかしいなと思ったら（Windows 版 After Effects CC）
下記ヘルプの「B. 環境設定フォルダーの再作成」が該当します。
https://helpx.adobe.com/jp/after-effects/kb/cq02250243.html

それでも改善しない場合は
・施錠ソフトの影響を受けないセーフモードで試してみると挙動は安定するか
・今回使おうと思っている素材に問題があり、それ以外の素材や別の方法で収録した素材を使えば現象は回避するか

・素材が外付けなどに保存されている場合、デスクトップに保存して読み込んでみるとどうか

などなど、いくつも考えられる要素があるので一個一個試していくのがよろしいかと思います。