Live2Dプラグインの際のバグ

Live 2Dを所有していないので適切な返答をできなく申し訳ないのですが、
「トランスフォームの透明度に張り付いてしまう現象が起きています。」というのが2通りの解釈ができるかと思います。
1：元々現象は起こり続けており、正常な挙動になったことがない
2：今までは問題なく正常な挙動となっていた

1の場合は「本来それが仕様」と言えるかと思います。
そのためご希望の挙動になるためには何かしら別の手法が必要になってくるのではないかと

2の場合ですと以下をお試しいただくのがよいかと
・AfterEffectsのUD等で症状が出てきたのであれば元または下位Verに戻す
・同じVrなのに症状が出始めた場合はキャッシュを削除してみる
・AfterEffectsのソフト自体のトラブルの場合は以下を実施してみます
■おかしいなと思ったら（Windows 版 Premiere Pro CC）
下記ヘルプの「B. 環境設定フォルダーの再作成」が該当します。
https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/kb/cq02250242.html

■おかしいなと思ったら（Mac OS 版 Premiere Pro CC）
下記ヘルプの「B. 環境設定フォルダーの再作成」が該当します。
https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/kb/cq022502421.html

他にはAfterEffects側じゃなくLive 2D側のトラブルの可能性も考慮して
Live 2D側のフォーラムで質問をしてみるなどになるかと思います。
https://creatorsforum.live2d.com/