Motion toolsがアンストしても表示されません

プラグインやスクリプトは、それぞれインストール方法や場所（フォルダー）が記載されたファイル(pdf・txt 形式など) が添付されていたり、または、サイトに説明があるので指示通りに実行して下さい。

After Effectsのフォルダーをクリーンな状態に戻す場合は、After Effectsをアンインストールしてから、After Effectsのフォルダーをデスクトップなど別の場所に移動させます。
After Effectsをインストールしてから、プラグインやスクリプトをインストールし直すか、または、先に移動させたフォルダーからプラグインなどを適切なフォルダーへ移動させます。

v24で一時的に英語名のエフェクト（Keylight・CCが付くエフェクトなど）が、別の分類に分けられていたので無くなったと勘違いされたかもしれませんが、24.6.3やv25では元に戻っています。

CCデスクトップアプリからインストールしたエクステンションは、再度インストールしなくても新しいバージョンで使えると思います。