コンポジションとして読み込んだPSDファイルを更新したとき、使用しているレイヤーが別のレイヤーと入れ替わってしまう

クリップスタジオ ペイントで作成したPSDファイルをコンポジションとして読み込み、一部のレイヤーを選んで（タイムラインパネルにドラッグ&ドロップして）使用しているのですが、読み込んだPSDファイルに加筆などの編集を行いレイヤーが増えると、使用しているレイヤーが別のレイヤーに変わってしまいます。解決する手段はないでしょうか。

クリップスタジオ ペイントでPSDファイルを編集していることの方に問題があるのかもとも考えています。何かご存知の方は教えていただけると幸いです。