タイムラプス作成時散発的に画面写る鳥（ゴミ）の除去について、購入前の相談です。

タイムラプスの編集の経験はないので間違っているかもしれませんが、

After Effectsの新機能「コンテンツに応じた塗りつぶし」やスタンプツールはありますが、動画を対象としているので、前後のフレームに連続して鳥が現れている場合は、Photoshopより速く処理できますが、タイムラプスの場合はPhotoshoのコンテンツに応じた塗りやスタンプツールを使って削除するほうが、速くできるしAfter Effectsより動作は軽いと思います。

After Effectsの新機能「コンテンツに応じた塗りつぶし」を試してみましょう - Adobe Blog

フリッカーの除去は、サードパーティのプラグインを使えば簡単ですが、After Effectsの標準機能だけで処理するのは難しいと思います。

下記は有名な対応するプラグインです。

・RE.Vision社　DEFlicker

・Digital Anarchy社　Flicker Free

・Neat Video（動画のノイズを除去するプラグインですが、タイムラプスの(未確認)フリッカーにも対応）

いずれも、体験版が用意されています。