レイヤーサイズはコンポジションと一致し、デフォルトのトランスフォーム値を使用する必要があります。とエラーが発生します。

>>コンポジション側を動画に合わせる、もしくはその逆を自動でfpsや解像度を手打ちして設定変更することなく行うこと
おそらく目線が3Dスティックカメラトラッキングをしたい素材になっているためかと思いますが、
コンポジションもシーケンスもベースとしている1つしかないので今度は他の60fpsの素材に別の影響がでる形になるかと、
なので現状はシーケンス設定=コンポジション設定いなるが一番良さそうだと個人的には感じます。

>>動画素材自体をタイムラインにペーストすれば自動で動画素材にあったシーケンスが生成されますよね。
ここはPrとAeの考え方の違いによるモノかと思っています。
ソースがあるわけではないのですが個人的にはこういう風に思っています。
・Pr：撮影素材をベースに編集を行っていく、なので素材に対するアプローチが豊富
・Ae：特殊効果や映像自体を作成していく、なので素材を作り出すことへのアプローチが豊富

余談的にPrと同じようにAeも下記画像のところに素材を入れれば素材に適したコンポジションを作成してくれる機能がありますー

また「「レイヤーサイズはコンポジションと一致し、デフォルトのトランスフォーム値を使用する必要があります。」とエラーが表示されます。」についての対応としては、
該当素材をプリコンポーズすることで解決するかと

AeはPrと違いあ色々複雑になりがちなので大変かと思いますが、
希望する機能などはどんどんお伝えされていくのが良いと思います。
じゃないと改善とかより良い機能が追加されていかないのでｗ

ちなみに下記のサイトがそういった機能の希望や改修などのページになるので一読してみるのもよいかとー
(同じ疑問や希望を持っているユーザーにも出会える可能性があります)
https://adobe-video.uservoice.com/