動画変換に伴う色の濃淡変化について

趣味で使用しているので原因などの詳しいことはお答えできませんが、
mp4へ出力となると、Media Encoderを使用していると思います。

まず、After Effects上のレンダリングでProRes形式に書き出した色は変わるでしょうか。

Media Encoderのレンダリングは、GPUも使用しているのでお使いのPCに搭載されているGPUドライバーのアップデートを試して改善されなければ、ハードウェアエンコードをソフトウェアエンコーディングに変更して試してください。
その際、最高レンダリング品質を使用にチェックを入れた方が良いように思います。