flash professional CS6についての質問です。

根本的な対策にはなっていませんが、やはり小まめなファイルの保存が大事であることは念頭に置いておきましょう。

「応答なし」になる場合ですが、何らかの特定の作業をされているときに起きる、といったパターンのようなものはありませんか？　一般的に、マシンパワーの低い環境で負荷の高い作業（ファイルサイズの大きなflaファイルの編集など）を行うと、このような状況になる可能性が高いと考えられます。その場合、不要なオブジェクトやレイヤー、ライブラリアイテムを削除するなどして、PCになるべく負荷がかからないように作業すると、問題が解決するかもしれません。

ご参考まで。