モリサワOTFとの相性

小塚フォントの使用は、下記も参考になると思います。

小塚フォントを使用している文書を PDF に変換できない（Windows 版 FrameMaker 7.1/7.2）
http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?231054+002

Windows 2000及びXP、FrameMaker 6.0-7.1、Acrobat 7.0J、
Adobe製PSドライバ（PostScript 5.2）環境。
PDF作成方法はFMからPSデータを書き出しして、DistillerにてPDF変換しています。

PSデータ書き出しのとき「プリント」（「ファイルへ出力」のチェックON）ダイアログから「プリント」ボタンをクリックしてPSデータを書き出しますが、その動作を２回続けて行います。（PSデータを１回書き出したあと、同じものを上書きする。その間FMデータはいじらない。）
理由はわかりませんが、なぜかモリサワOTFの文字抜けが直ります。

それでも文字抜けが発生してしまう場合、InDesign CSやIllustrator CSをインストールしたときに自動的にインストールされてしまうAdobe製OTFフォントをWindowsのフォントフォルダから削除してください。
（小塚フォントシリーズ、りょうフォントシリーズ、MyriadPro、MinionProなど。）
うちはこの環境で特に問題ありません。

また、InDesignなどで小塚フォントなど上記のフォントを使用したい場合は、ドライブ:¥Program Files¥Common Files¥Adobe¥Fontsフォルダに移動するとAdobe製品でのみ使用できます。

お試しあれ

TTF以外のフォントを使用した時の文字抜けはOS内での問題だからなぁ。
Vistaで直っているといいけれど・・・。

フォントキャッシュをクリアにするとは、Windows XPの中のフォントキャッシュファイル「FNTCACHE.DAT」を削除するという意味です。詳しくは「http://www7.ocn.ne.jp/〜siba/font.htm#2000xp」をご覧下さい。
ちなみに当方は、モリサワOTFフォントを使用するのをやめました。。

私もモリサワOTFフォントを使用してます。
XMLファイルからFrameMakerファイルにした際に、「異なるフォントメトリックス情報・・・」などのメッセージが表示され、そのままではPDFや印刷が出来ない現象があります。
もしかしたら同じ原因かもしれませんね。
フォントキャッシュをクリアにするというのはどのようにするのでしょうか？

Adobe様に尋ねると「異なるフォントメトリックス・・・」という警告は既知の問題で解決できないというような回答がありました。

私もまだ解決していません。
回答ではなく申し訳ありません。

どなたか情報ありませんか？