aiデータを配置した際にされているクリッピングマスクについて

編集データを一つのファイル内にすべて入れ込む、ということだと、お二人の仰るように直接開いてコピー＆ペーストしか作業する方法はないと思います。

ただ、今回の目的が編集状態でその対応が必要かどうか、というのもあったりはします。

あくまでもレイアウト処理における配置のみであれば、リンクのままの配置にし、編集を行う場合は元ファイルを編集して更新する方法でもいいのではないかと思います。

（InDesignなどでのレイアウト処理と同じような話になります）

配置コマンドやドラッグ&ドロップで得られるデータはaiのPDF互換ファイルの内容です。厳密に、直接開いたaiの内容とは異なります。詳しく伺ってない限りですが、まずやらないほうがいいです。

作業量は膨大な印象ですが作業自体は単調そうなので、アクションを利用して作業負担を軽減するところから始めてみてはいかがでしょう。

Illustrator形式のデータを配置した場合、ファイル内部に保存されているPDF形式部分が利用されネイティブ部分は利用されません。
そのため、埋め込んだり展開しようとするとPDFデータを操作した状態となりテキストなどが細切れになります。
ということで、コピペをやるしか無いです。

タイトルの「aデータ」は「aiデータ」です。申し訳ありません。