CC2017に更新後.

今回の件と直接関わるかわかりませんが、CC 2017については下記の重要な問題が起きています。

Illustrator CC 2017 からのPDF書き出しで日本語特色名が文字化けする

「編集情報を持たないPDFで特色を利用している」という点があるので、

その状態であればデータの修正を行うか、CC 2015以下で開いてからPDFhozonnしての確認が必要です。

（CC 2013～2017は同じデータ形式なので互換性があります）

それ以外となると、データの作成状態や保存設定などが影響しているかもしれません。

念のため、従来と何か変わった設定等をしていないかなどをチェックするといいかもしれません。