CMYKの設定について

>最小ファイルサイズ等でpdf保存したものを開く

最少ファイルサイズPDFで保存したものはRGBカラーモードになっています。

それをIllustratorで開けば、ドキュメントはCMYKでなくRGBのはずです。単にカラーパネルがCMYKになっているだけではありませんか？

どちらにしてもRGBドキュメントなので、そのままではまともな品質の印刷物は作れません。

そもそも、PDFをIllustratorで開くこと自体が大変に問題のある作業です。本来やってはいけません。

可能なら元データを頂ければいいんですが、そのアプローチをとった上でどうしてもそれしかない、という場合に

PDFデータをIllustratorで開く（オブジェクトが動く、字詰めが変わる、バラバラになる、オブジェクトが画像化される………などが起きます。PDFを無理矢理変換して開いているのですから、何が起きてもおかしくありません。注意して開いてチェックしてください）

カラーモードをCMYKにする（元々RGBのものは、CMYK変換すると挙げられているような数値になります）

オブジェクトの再配色機能を使い、グレーを全てCMYKのKのみのグレイにひとつひとつ変換する

CMYのカラーも必要に応じて最適化する

といった手法でなんとかしてみてください。