illustrator 29.7.1 にアップデートしたら環境設定が頻繁に勝手に変更されます

SonomaのIntelマシンでも再現しました。
その他、バックグラウンド保存やバックグラウンド書き出しのチェック状態やリッチブラック表示の設定もデフォルトにフォールバックしますね。←これは気のせいですね。

2025 (29.7) で追加された新機能「環境設定の検索」を触ると、単位が全てポイントになる症状を確認しました。

「環境設定のリセット」を試してみてください。

こちらのUserVoiceに類似の投稿があります。

https://illustrator.uservoice.com/forums/601447-illustrator-desktop-bugs/suggestions/50287938-illustrator-29-7-1-changes-units-from-pixels-to-po

まだ、情報不足ということで発生する環境の特定ができていません。発生する状況が特定できれば解決につながっていくだろうと思います。現時点でいえることは、質問者さんだけの環境で発生しているものではなさそうだということです。