illustrator で立ち上げるたびにツールやコントロールパネル等が非表示になっています

Macじゃないですか？　Illustrator/InDesignともにたまにパネルが消えてることがありますが、デュアルモニタだし何かあるんだろうと思いつつ、起きたときにワークスペースリセットするようにしています。

ツールが何も表示されていない状態で起動したら、「tab」キーを押してみて下さい。

「tab」キーは全てのパネル類の表示・非表示を切り替えるショートカットキーです。

または、「ウィンドウ」メニュー→「ワークスペース」→「初期設定」を選んでから、「ワークスペース」→「初期設定をリセット」を実行してみて下さい。

OSバージョンやIllustratorのバージョン不明ですし、どのように開いているかの方法も不明です。

まずはそのあたりを具体的に記載してみることをおすすめします。

（ジャパンフォーラムのトップページ右上のテンプレートを最低限の基準として下さい）